PubCHEM è una banca dati pubblica e gratuita, specializzata in biologia molecolare, gestita dal National Center for Biotechnology Information (NCBI), parte della National Library of Medicine (NLM) del National Institutes of Health (NIH). Fornisce informazioni sulle proprietà chimico fisiche di piccole molecole e sulla loro attività biologica, ma anche su molecole più grandi come nucleotidi, carboidrati, lipidi, peptidi e macromolecole chimicamente modificate. Raccogle inoltre informazioni su strutture chimiche, identificatori, proprietà chimiche e fisiche, attività biologiche, brevetti, salute, sicurezza, dati sulla tossicità. E’ strutturata in 3 database correlati tra di loro da un sistema di ricerca integrato (Entrez):

• PubChem Substance: ricerca i record delle sostanze chimiche registrate, utilizzando nomi, sinonimi e parole chiave;
• PubChem Compound: ricerca le strutture chimiche, utilizzando nomi, sinonimi e parole chiave;
• PubChem BioAssay: ricerca i record delle prove biologiche dei farmaci.