Presso la Biblioteca è conservato il fondo dei libri antichi (Fondo Antiqua) che comprende edizioni dei secoli XIX e XX di vario argomento: botanica generale, fisiologia, istologia e anatomia vegetali, botanica farmaceutica e farmacologia, chimica, microbiologia, tecnica di laboratorio, agronomia e agricoltura, micologia, i delectum seminum di qualche orto botanico, floristica.
Fra il posseduto, si annoverano: il Compendio della flora italiana di Cesati, Passerini e Gibelli, 1884, primo esempio di flora analitica per l'Italia; la Flora marchigiana del Paolucci, 1891; la Guida botanica del Baroni, 1907, che reca la firma autografa dell'Autore; la Flora analitica d'Italia di Fiori e Paoletti, 1896-1898, Fiori e Béguinot, 1900-1904, Fiori, 1907-1908, prime flore analitiche e descrittive, dalle quali discende la Nuova flora analitica d'Italia del Fiori, 1923-1929. Meritano inoltre di essere menzionati: i tre tomi delle Istituzioni Botaniche di Ottaviano Targioni Tozzetti, 1813 (direttore del Giardino dei Semplici di Firenze e prefetto della Biblioteca Magliabechiana, attuale Biblioteca Nazionale Centrale di Firenze), che, oltre ad essere i volumi più antichi del fondo e ad avere una carta fatta a mano di buona fattura, mantengono le coperte cartonate con dorso in pelle; il tascabile per touristi del Correvon Flora alpina, 1898, con splendide figure a colori di piante erbacee; l'Erbario figurato del Negri, 1923, dalla coperta a colori di gusto "Liberty" con ben ottantasei tavole a colori, Gli alberi e arbusti del circondario e dell'appennino camerte (1871) di Agostino Reali, professore di botanica della Libera Università di Camerino, e, infine, Jungermannideae Europae del Du Mortier (1874), libro sul cui frontespizio campeggia la firma di Alberto Chiarugi, docente di botanica, direttore dell'Istituto botanico e del Museo di storia naturale dell'Università di Firenze, donato alla prof.ssa Carmela Cortini Pedrotti, sua allieva, e successivamente ceduto alla biblioteca.
I volumi, apprezzabili sia per la qualità del contenuto che per il buono stato di conservazione, sono custoditi fin dalla fondazione dell’Istituto botanico e sopratutto dell'Orto botanico (1828), come testimoniano i timbri di possesso (L. Università  Orto botanico oppure Istituto Botanico Università Camerino) nonché le minute di appunti rinvenute all'interno dei tomi. Questi testi, ancora oggi, sono consultati dai ricercatori per ottenere informazioni sull'evoluzione tassonomica e sistematica, nonché sulla corologia della specie floristiche italiane.